Τον Σεπτέμβριο του 1807 ο Ναπολέων, προ πολλού εστεμμένος αυτοκράτορας της Γαλλίας, απέστειλε τον στρατηγό Cesar Berthier ως διοικητή στην Κέρκυρα, ο οποίος κατέλυσε την Επτάνησο Πολιτεία διακηρύσσοντας ότι η περιοχή αυτή αποτελούσε τμήμα της Γαλλικής Αυτοκρατορίας.
Ο Ναπολέων, λόγω της στρατηγικής θέσης της Κέρκυρας στην Αδριατική, διέταξε τον εκσυγχρονισμό των οχυρώσεών της, αναθέτοντας τη διοίκηση του νησιού στον Donzelot, με εντολή να κρατήσει την Κέρκυρα πάση θυσία. Η αμυντική διάταξη ενισχύθηκε με κατασκευές νέων οχυρών (Λαμποβίτισσα και Βίδο) και έξη περιμετρικών πυροβολείων.
Οι Γάλλοι επίσης βελτίωσαν τη ρυμοτομία και την αρχιτεκτονική της πόλης, μετέτρεψαν τη Σπιανάδα σε δενδρόφυτη πλατεία και κατασκεύασαν στη δυτική της πλευρά, σε σχέδιο του μηχανικού Lesseps, την τοξοστοιχία που είναι γνωστή με το όνομα "Λιστόν". Στις δραστηριότητές τους οφείλεται η εισαγωγή της καλλιέργειας της πατάτας, η καθιέρωση του εμβολιασμού, και η ίδρυση Σχολής Καλών Τεχνών. Το σημαντικότερο όμως έργο τους ήταν η ίδρυση της Ιονίου Ακαδημίας (1808), του πρώτου πανεπιστημίου της Νεότερης Ελλάδος.
Το 1814 το άστρο του Ναπολέοντα βρισκόταν στη δύση του. Μετά τις πολιτικές εξελίξεις ο στρατηγός Francois-Xavier Donzelot έλαβε εντολή να παραδώσει την Κέρκυρα την οποίαν παρέλαβε ο Άγγλος στρατηγός Campell στις 26 Ιουνίου 1814. Το Συνέδριο της Βιέννης το 1815 υιοθέτησε την πρόταση του εκπροσώπου της Ρωσίας Ιωάννη Καποδίστρια, που πρότεινε να αναγνωριστούν τα Επτάνησα ελεύθερα και ανεξάρτητα υπό Βρετανική προστασία.
